3 września 1999 r. Sejm Rzeczypospolitej Polskiej uchwalił ustawę powołującą Uniwersytet Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie. Nowy Uniwersytet, który oficjalnie rozpoczął swe istnienie 1 października tego samego roku, powstał na bazie Akademii Teologii Katolickiej. Początkowo posiadał cztery wydziały: Teologiczny, Prawa Kanonicznego, Filozofii Chrześcijańskiej oraz Kościelnych Nauk Historycznych i Społecznych.
Na mocy Ustawy stał się uczelnią państwową, pozostającą pod nadzorem ministra do spraw szkolnictwa wyższego. Trzy wydziały kościelne posiadają ponadto nadzór Wielkiego Kanclerza, którym jest każdorazowy arcybiskup warszawski.
Uniwersytet w początkowej fazie funkcjonowania kształcił i prowadził badania naukowe w zakresie nauk humanistycznych, społecznych i teologicznych.
